Menu

Laboratoř fylogenomiky a bioinformatiky

V naší laboratoři se zabýváme řešením evolučních otázek pomocí analýzy genomických dat získaných s použitím moderních sekvenačních technologií a bioinformatických postupů. Sekvenační metody nové generace (masivně paralelní sekvenování) umožňují vygenerovat během jediného procesu až stamiliony osekvenovaných fragmentů DNA. Tyto metody přináší zoologům dříve netušené možnosti výzkumu, ať už jde o fylogenetické nebo populačně-genetické analýzy, odhalování speciačních mechanismů (např. identifikace částí genomu podléhající selekci), tvorbu genetických map nebo metagenomické analýzy směsných vzorků (např. obsahu žaludku či bakteriálního společenstva). V naší laboratoři jsme mimo jiné zavedli a zoptimalizovali metodu ddRAD (Double Digest Restriction Associated DNA Sequencing) umožňující efektivní získání velkého množství (až stovek tisíc) homologických markerů z několika set vzorků během jediného procesu, včetně následného bioinformatického zpracování sekvenačních dat.

Vedoucí: Mgr. Ing. Lubomír Piálek, Ph.D.
e-mail: lubomir.pialek@prf.jcu.cz; lpialek@yahoo.com
tel: +420 387 772 238

Výzkumníci:
RNDr. Radka Piálková, Ph.D.
Mgr. Klára Dragová

Spolupracující instituce:
Česká Národní Gridová Infrastruktura – MetaCentrum; Katedra ekologie PřF UK, Praha; Ústav biologie obratlovců AV ČR, Brno; EMBL Genomics Core Facility, Heidelberg, Německo

Účast na projektech:
– Speciační mechanismy v evoluci druhových hejn neotropických cichlid rodu Crenicichla (Lubomír Piálek, PřF JU)
– Fylogeneze a biogeografie neotropických cichlid (Oldřich Říčan, PřF JU)
– Evoluce reprodukční izolace u našich dvou druhů slavíků (Radka Reifová, PřF UK)
– Fyziologie hibernace netopýrů (Natália Martínková, ÚBO AV ČR)
– Rozmnožovací módy u ještěrů (Lukáš Kratochvíl, PřF UK)
– Populační historie glaciálního reliktu Saxifraga rosacea – Lenka Záveská Drábková (BÚ AV ČR)

Vybrané publikace:
Říčan, O., Piálek, L., Dragová, K., & Novák, J. (2016). Diversity and evolution of the Middle American cichlid fishes (Teleostei: Cichlidae) with revised classification. Vertebrate Zoology, 66(1), 1–102. (Monograph)

González-Tortuero, E., Rusek, J., Maayan, I., Petrusek, A., Piálek, L., Laurent, S., & Wolinska, J. (2016). Genetic diversity of two Daphnia-infecting microsporidian parasites, based on sequence variation in the internal transcribed spacer region. Parasites and Vectors, 9(1).

González-Tortuero, E., Rusek, J., Turko, P., Petrusek, A., Maayan, I., Piálek, L., … Wolinska, J. (2016). Daphnia parasite dynamics across multiple Caullerya epidemics indicate selection against common parasite genotypes. Zoology, 119(4).