skip to Main Content

Laboratoř fylogenomiky a bioinformatiky

V naší laboratoři se zabýváme řešením evolučních otázek pomocí analýzy genomických dat získaných s použitím moderních sekvenačních technologií a bioinformatických postupů. Sekvenační metody nové generace (masivně paralelní sekvenování) umožňují vygenerovat během jediného procesu až stamiliony osekvenovaných fragmentů DNA. Tyto metody přináší zoologům dříve netušené možnosti výzkumu, ať už jde o fylogenetické nebo populačně-genetické analýzy, odhalování speciačních mechanismů (např. identifikace částí genomu podléhající selekci), tvorbu genetických map nebo metagenomické analýzy směsných vzorků (např. obsahu žaludku či bakteriálního společenstva). V naší laboratoři jsme mimo jiné zavedli a zoptimalizovali metodu ddRAD (Double Digest Restriction Associated DNA Sequencing) umožňující efektivní získání velkého množství (až stovek tisíc) homologických markerů z několika set vzorků během jediného procesu, včetně následného bioinformatického zpracování sekvenačních dat.

Vedoucí: Mgr. Ing. Lubomír Piálek, Ph.D.

e-mail: lubomir.pialek@prf.jcu.cz; lpialek@yahoo.com

tel: +420 387 772 238

Výzkumníci:

RNDr. Radka Piálková, Ph.D.

Mgr. Klára Dragová

Spolupracující instituce:

Česká Národní Gridová Infrastruktura – MetaCentrum; Katedra ekologie PřF UK, Praha; Ústav biologie obratlovců AV ČR, Brno; EMBL Genomics Core Facility, Heidelberg, Německo

Účast na projektech:

– Speciační mechanismy v evoluci druhových hejn neotropických cichlid rodu Crenicichla (Lubomír Piálek, PřF JU)

– Fylogeneze a biogeografie neotropických cichlid (Oldřich Říčan, PřF JU)

– Evoluce reprodukční izolace u našich dvou druhů slavíků (Radka Reifová, PřF UK)

– Fyziologie hibernace netopýrů (Natália Martínková, ÚBO AV ČR)

– Rozmnožovací módy u ještěrů (Lukáš Kratochvíl, PřF UK)

– Populační historie glaciálního reliktu Saxifraga rosacea – Lenka Záveská Drábková (BÚ AV ČR)

Vybrané publikace:

Albrecht, T., Opletalová, K., Reif, J., Janoušek, V., Piálek, L., Cramer, E. R. A., … Reifová, R. (in press). Sperm divergence in a passerine contact zone: indication of reinforcement at the gametic level. Evolution, doi: 10.1111/evo.13677.

Piálek, L., Burress, E. D., Dragová, K., Almirón, A., Casciotta, J., & Říčan, O. (in press). Phylogenomics of pike cichlids (Cichlidae: Crenicichla) of the C. mandelburgeri species complex: rapid ecological speciation in the Iguazú River and high endemism in the Middle Paraná basin. Hydrobiologia, doi: 10.1007/s10750-018-3733-6.

Piálek, L., Casciotta, J., Almirón, A., & Říčan, O. (in press). A new pelagic predatory pike cichlid (Teleostei: Cichlidae: Crenicichla) from the C. mandelburgeri species complex with parallel and reticulate evolution. Hydrobiologia, doi: 10.1007/s10750-018-3754-1.

Říčan, O., Říčanová, Š., Dragová, K., Piálek, L., Almirón, A., & Casciotta, J. (in press). Species diversity in Gymnogeophagus (Teleostei: Cichlidae) and comparative biogeography of cichlids in the Middle Paraná basin, an emerging hotspot of fish endemism. Hydrobiologia, doi: 10.1007/s10750-018-3691-z.

Burress, E. D., Piálek, L., Casciotta, J. R., Almirón, A., Tan, M., Armbruster, J. W., & Říčan, O. (2018). Island- and lake-like parallel adaptive radiations replicated in rivers. Proceedings of the Royal Society B, 285(1870), 20171762.

Pérez-Miranda, F., Mejía, O., Soto-Galera, E., Espinosa-Pérez, H., Piálek, L., & Říčan, O. (2017). Phylogeny and species diversity of the genus Herichthys (Teleostei: Cichlidae). Journal of Zoological Systematics and Evolutionary Research. doi.org/10.1111/jzs.12197

Aghová, T., Šumbera, R., Piálek, L., Mikula, O., McDonough, M., Lavrenchenko, L. A., Meheretu, Y., Mbau, J. S., & Bryja, J. (2017). Multilocus phylogeny of East African gerbils (Rodentia, Gerbilliscus) reveals the history of the Somali-Masai savannah. Journal of Biogeography, 44(10), 2295-2307.

Awad, M., Piálek, L., Krejčí, Laugier, G., & Nedvěd, O. (2017). Paternity following multiple mating in ladybird Harmonia axyridis. Biocontrol, 62, 297-307.

Říčan, O., Piálek, L., Dragová, K., & Novák, J. (2016). Diversity and evolution of the Middle American cichlid fishes (Teleostei: Cichlidae) with revised classification. Vertebrate Zoology, 66(1), 1–102. (Monograph)

González-Tortuero, E., Rusek, J., Maayan, I., Petrusek, A., Piálek, L., Laurent, S., & Wolinska, J. (2016). Genetic diversity of two Daphnia-infecting microsporidian parasites, based on sequence variation in the internal transcribed spacer region. Parasites and Vectors, 9(1).

González-Tortuero, E., Rusek, J., Turko, P., Petrusek, A., Maayan, I., Piálek, L., … Wolinska, J. (2016). Daphnia parasite dynamics across multiple Caullerya epidemics indicate selection against common parasite genotypes. Zoology, 119(4).

Back To Top